Latem samice podkowca małego tworzą kolonie, w których rodzą i wspólnie wychowują potomstwo. Na miejsce przebywania takich zgrupowań zwanych koloniami rozrodczymi nietoperze te wybierają zwykle duże, nie użytkowane strychy, posiadające odpowiednie wloty. Są to najczęściej obszerne poddasza kościołów, cerkwi, zamków, dworów i innych tego typu obiektów.
Występujący w ostatnich latach proces zmian charakteru budownictwa oraz nasilające się remonty budynków, połączone z uszczelnianiem strychów, powodują, że liczba bezpiecznych i dostępnych i dla nietoperzy schronień gwałtownie maleje. Dlatego, utrzymanie istniejących stanowisk podkowca małego staje się niezmiernie ważną sprawą dla zachowania populacji tego gatunku w Polsce.
Podkowiec mały jest gatunkiem który unika otwartej przestrzeni. Ze względu na bardzo krótki zasięg echolokacji lata wyłącznie wśród roślinności lub przy powierzchni skalnych ścian lub budynków. Dlatego by przelecieć z kryjówki na żerowisko wybiera trasy prowadzące przez korony drzew, zarośla czy wydłuż innych liniowych elementów krajobrazu. Zmuszony pokonać otwarty teren, leci tuż nad ziemią, gdzie narażony jest na ataki drapieżników.
Nietoperze zazwyczaj nie są kłopotliwymi lokatorami i właściciele budynków często nawet nie zdają sobie sprawy z ich obecności. Czasami jednak problemem mogą być duże ilości guana (odchodów) zbierające się pod koloniami. W takiej sytuacji dobrym rozwiązaniem jest zainstalowanie specjalnej platformy z desek, gromadzącej guano i ułatwiającej jego późniejsze uprzątnięcie.